Početkom Domovinskog rata samoinicijativno se stvaraju jedinice Narodne zaštite, uz već postojeće regularne jedinice Zbora narodne garde (ZNG). Narodna zaštita se tretirala kao rezervna vojska koja bi stupila u akciju u slučaju da postrojbe ZNG-a budu poražene. Domobranstvo je obnovljeno, a 24.12.1991. i postalo je posebni dio Hrvatske vojske kao rezervni sastav te je podvrgnuto jedinstvenom sustavu zapovijedanja. Od 31. prosinca 1991. brojni pripadnici Narodne zaštite ulaze u sastav Domobranstva. Prvi zapovjednik Domobranstva bio je general Zvonimir Červenko.
U sklopu izgradnje domobranstva kao posebne komponente Oružanih snaga Republike Hrvatske Domobranska bojna Čakovec je ustrojena 30. travnja 1992. godine zapoviješću predsjednika Republike Hrvatske Franje Tuđmana (klasa:801-02/92-01/01, ur.broj:512-06-02-92-214, od 30. travnja 1992. godine), te Zapovijedi o ustroju od Ministarstva obrane RH (klasa:8/92-01/52, ur.broj:1079-04-92-02 od 2. 5. 1992. godine), koju je potpisao ministar obrane Gojko Šušak.
Za nositelja ustrojavanja i prvog zapovjednika imenovan je Željko Tomašić, koji je u suradnji s Upravom za obranu Čakovec popunio ustrojbenu shemu u kojoj su imenovani zapovjednici i raspoređeni vojnici – domobrani. Prema shemi ustroja u za zamjenika je imenovan Željko Mikec a za pomoćnika za logistiku Franjo Kovačić, koji su činili mobilizirani dio postrojbe, a zapovjedništvo su činili još Stjepan Hranjec pomoćnik za politički rad.
Za zapovjednike su imenovani
- 1. Satnija – Zdravko Holcinger
- 2. Satnija – Josip Lisjak
- 3. Satnija – Ivan Grašić
- Inženjerijski vod – Dražen Tkalec
- Logistički vod – Darko Borko
Ustrojena je u zgradi bivše Uprave za obranu, Jakova Gotovca 7, Čakovec u prostorijama bivšeg TO. Od njezinog ustrojavanja do njezinog spajanja s Domobranskom pukovnijom Varaždin i angažiranja u VRO „OLUJA“ postrojba je doživjela promijene od eventualne uporabe, a tako i u kadrovskim promjenama. Sačinjavali su je uglavnom vojni obveznici iz nekadašnje općine Čakovec (sadašnja Međimurska županija), prema teritorijalnom načelu, pa su tako pripadnici 1. satnije bili s područja Gornjeg Međimurja, 2. satnije s područja Srednjeg Međimurja i 3. satnije s područja Donjeg Međimurja. A u svom sastavu je postrojba neformalno imala i Puhački orkestar koji je vodio Josip Braniša iz Pribislavca.
Postrojba je vrlo brzo opremljena s odorama i naoružanjem, te je već u rujnu 1992. dala Svečanu prisegu u koritu jezera ispred Starog grada Zrinskih u Čakovcu, na kojoj je nazočio i tadašnji Načelnik GS OS RH general Janko Bobetko i zapovjednik Domobranstva general Zvonimir Červenko.
Tijekom 1993. i 1994. godine postrojba provodi plansku intenzivnu obuku na poligonu „Kukavica“ kod Grubišnog Polja, te je potpuno osposobljena za borbena djelovanja kao postrojba pješaštva. Kako su se neke postrojbe s područja Međimurja po obavljenim ratnim zadaćama demobilizirale, bojna se sve više popunjavala s iskusnim bojovnicima, tako je je bojna bila spremna u planskom roku krenuti na ratište u izvršavanje borbenih zadaća.
U ljeto 1993. po dostavljenom izvješću u GS OS RH da je Domobranska bojna Čakovec, ustrojena, opremljena i osposobljena za borbena djelovanja, izvršen je nadzor od strane Glavne inspekcije obrane koju je vodio general Franjo Feldi te je bojni dat signal za mobilizaciju. Planirano vrijeme mobilizacije je bilo 48 sati, no bojna je za manje od 24 sata izvršila mobilizaciju i sve sastavnice su potpuno borbeno spremne bile na mjestu upotrebe (osiguranje strateških objekata i institucija na području Međimurja).
Po odlasku zapovjednika Tomašića na mjesto Načelnika inženjerije VI. ZP Bjelovar, na mjesto zapovjednika bojne je imenovan Željko Mikec.
Domobranska bojna Čakovec kao samostalna bojna djeluje od sredine 1994. kada se preustrojem pripaja 24. domobranskoj pukovniji Varaždin u čijem je sastavu kao jedini borbeno osposobljeni i opremljeni ustrojbeni dio mobilizirana i u VRO „Oluja“ uključena u oslobađanje Republike Hrvatske, gdje je kroz borbeni raspored 128. i 121. domobranke pukovnije prelaskom Save u Jasenovcu krenula u napadna djelovanja, te je po oslobađanju zaposjela državnu granicu na rijeci Uni od Dubice do Hrvatske Kostajnice. Tu ostaje do 15. kolovoza 1995. kada položaje predaje domicilnim postrojbama i vraća se u Čakovec gdje joj je priređen spektakularan doček.
Preustrojem HV 2003. godine, Domobranstvo se ukida.
